Институт был создан целевым назначением для выполнения фундаментальных исследований и прикладных разработок в области биотехнологии, физиологии и генетики растений, как самостоятельное научное учреждение в составе организованного Национального центра по биотехнологии Республики Казахстан в соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 16 ноября 1993 г. №1140 «О мерах по обеспечению деятельности Национального центра по биотехнологии Республики Казахстан» во исполнении Указа Президента Республики Казахстан от 21 января 1993 года № 1090 «О мерах по совершенствованию организации науки и развитию научно-технического потенциала республики». Институт был сформирован на базе профильных лабораторий Института ботаники и Главного ботанического сада АН КазССР. Первоначальное наименование «Институт физиологии, генетики и биоинженерии растений».